현자의 돌을 찾던 중 '터커-키메라를 만듦'를 만나고, 터커의 비밀   을 알게된 에드워드는 인간적인 고뇌를 느낀다.   이런 파렴치한 연금술사를 죽이는 '스카-암살자'는 에드워드를 죽   이려고 하나 큰 부상만 남기고 도망치게 된다. 큰 부상을 입은 에드   워드는 고향으로 향한다. 고향으로 가던 중 현자의 돌을 만드는 비   밀을 알고 있는 '마르코박사'를 만나고 에드워드의 설득에 그 비밀   이 적혀있는 책이 있는 곳을 알려준다. 하지만 '러스트'에 의해 죽   임을 당한다.   고향에서 오토메일을 수리하고 비밀이 숨겨져 있는 도서관으로 가   지만 이미 '러스트'에 의해 불타없어져 버렸다. 하지만 '셰스카'라는   도서관 직원에 의해 그 자료를 복원하고 비밀을 알아낸다. 하지만   현자의 돌을 만드는 재료가 인간인 것을 알고 충격을 받는다. 결국   다른 방법을 찾기 위해 '마르코박사'가 근무하던 제5연구소에 몰래   침입하지만 그곳에서 적들과 만나게 된다.