사도요한의 교회(Church of St.John) 전해져 오는 바에 의하면 이 곳은 기원후 37년-42년, 박해를 피해 예루살렘에서 나온 사도요한과 예수의 어머니 마리아가 살았던 곳이자 사도요한이 복음서를 기술하고 또 생을 마감한 무덤이 있는 곳으로 알려져 있다. 사도요한의 무덤 위에 서기 4세기경 처음으로 나무로 된 교회가 지어졌으나 비잔틴 제국의 유스티니아누스 황제(577-565 AD)시대에 재건되어 오늘날의 형태로 남겨지게 되었다.

에페소가 아랍민들의 지배하에 있었던 7, 8세기에 사도요한 교회는 20개의 타워와 3개의 문으로 이루어진 성벽으로 둘러싸이게 되었다. 현재 여행객들이 출입하는 곳이 주 성문인데, 나머지 두개의 문은 각각 동쪽과 서쪽에 나 있다. 기독교가 박해받던 초기 기독교 시절 당시 경기장 내의 사자들의 먹이가 된 기독교인들의 넋을 달래기 위함인 듯 성벽 축조에 사용된 돌은 에페소의 경기장에서 가져온 것들이라고 알려져 있다. 사도요한의 무덤은 중앙 돔 아래에 위치하고 있다. 성스러운 기독교 성지의 하나로 여겨 많은 기독교인들의 발길이 끊이지 않는 이 곳에는 오늘날까지도 발굴과 복원이 계속되고 있다.