2007년 9월 '아이팟 셔플 3세대'는 초소형 클립형 제품이다. 1GB 플래시메모리를 탑재했고, 내장 리튬폴리머 배터리를 이용해 12시간동안 음악재생이 가능하다. 2세대보다 별 크게 달라진점은 없다. 함께 제공되는 미디어파일 관리 소프트웨어 아이튠즈는 유료 콘텐츠 구매는 불가능하지만 온라인 콘텐츠 구독서비스인 팟캐스트(Podcast)를 이용해 교육, 뉴스 등 콘텐츠를 볼 수 있다. LCD가 없어 재생정보를 알 수 없다는 단점이 있지만, 휴대성이 좋다.