어느 한적한 마을의 숲속에 우주선이 나타난다. 우주선에서 내린 외계인들은 지구의 각종 표본들을 채취하던 중 인간들이 나타나자 서둘러 지구를 떠나는데, 그 와중에 뒤쳐진 한 외계인만 홀로 남게 된다. 방황하던 외계인은 한 가정 집에 숨어들고, 그 집 꼬마 엘리어트와 조우하게 된다. 엘리어트는 외계인에게 E.T.(Extra-Terrestrial)란 칭호를 붙여주고 형 마이클과 여동생 거티에게 E.T.의 존재를 밝힌다. 그때부터 삼남매는 엄마의 눈을 속인 채 집안에서 몰래 E.T.를 돌봐준다.

 어느새 아이들과 E.T.사이엔 끈끈한 정이 생기고, 특히 엘리어트는 E.T.와 텔레파시로 교감할 정도로 가까워진다. 그러나 E.T.는 자신의 별로 돌아가야할 몸. 그는 아이들의 도움을 받아 집안의 잡동사니로 자신의 별과 교신할 통신장비를 만든다. 그리고 할로윈 축제를 이용해, 우주선이 착륙했던 숲속으로 가서 그곳에 통신장비를 설치하지만, 그만 체력의 급격한 소모로 탈진 상태에 빠진다. 특이한 점은 E.T.가 아플 땐 엘리어트도 함께 아프다는 것인데.

 [스포일러] 엘리어트와 E.T.가 빈사상태에 빠졌을 때, 그동안 이 집을 조사해오던 항공 우주국 직원들이 들이닥친다. 온갖 검사장비가 총동원된 가운데 항공 우주국 측은 E.T.의 건강을 되살리려 애써보지만, 결국 E.T.는 숨을 거두고 만다. E.T.가 숨지는 순간 엘리어트와의 생체 리듬이 분리되면서 엘리어트는 건강을 회복한다. 눈물을 흘리며 E.T.와 작별인사를 하는 엘리어트.

 하지만 엘리어트의 사랑의 눈물이 기적을 일으킨 것일까? E.T.가 다시 되살아난다. 아이들은 어른들의 눈을 피해 자전거를 타고 E.T.를 숲속으로 피신시킨다. 숲에는 E.T.의 메세지를 듣고 온 우주선이 기다리고 있었다. 아이들의 눈물의 배웅을 받으며 E.T.는 지구를 떠난다. "항상 네 곁에 있을께"라는 약속을 남긴 채...