사건 직후 연합뉴스와의 인터뷰에서 목격자 택시 기사 이모(44)씨는 “근처에서 손님을 기다리고 있었는데 50대 정도로 보이는 어떤 남성이 쇼핑백을 들고 숭례문 옆 계단으로 올라갔다”며 “잠시 후 숭례문에서 불꽃놀이를 하듯이 빨간 불꽃이 퍼져 나왔고 신고를 하고 보니 그 남자가 내려왔다”고 말했다.이씨는 “경찰이 그 남자를 쫓아가지 않아 내가 직접 차를 몰고 쫓아 갔는데 찾을 수 없었다”고 말했다.또 다른 목격자도언론사 등에 “60대 중반으로 보이는 남자가 사다리를 타고 남대문에 들어가는 것을 봤다”고 제보했다.
네티즌들은 사건 당일 오후 4시 55분 피의자가 방화범으로 지목된 조모(52)씨에서 조사 하루만에 69세의 채모씨로 바뀌었다는데 대하여 의구심을 감추지 못하며, 69세의 채모씨가 방화후 사다리를 들고 목격자를 피해 강화도로 도주했다는 것에 이해 할 수 없다는 반응이다.
숭례문 2층은 일반인들이 접근하기에 용이하지 않으며, 화재 진압 당시 소방당국 관련자들이 내부로 들어가서 육안으로 검사를 했는데도 활성화되고 있는 불길을 찾지 못했다.또한 감시 카메라의 허점을 이용하여 전혀 노출되지 않은 상태로 숭례문으로 잠입 한 점을 들어 우연의 일치로 보기엔 69세의 노인이 저질렀다고 보기 힘들다며, 어느 정도 목재 구조물에 대한 지식을 가진 범인이 사전에 치밀하게 계획으로 범행을 저질렀다는 쪽으로 무게를 두고 열띤 토론을 벌이고 있다.최소한 숭례문 보수공사와 관련된 사람이거나, 목공이나 문화재 보수에 관련이 있는 사람들이 아닌 경우에 믿기 힘들다는 말하고있다.

네티즌들은 아울러 졸속 행정으로 수사를 매듭 짓기 위한 범인 검거보다는 사건의 본질과 전후 사정을 명확히 밝혀내어 석연치 않은 수사 결과가 나오지 않도록 하는데 최선을 다해야 한다고 말했다.
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