지난 1999년 제네바쇼를 통해 데뷔했던 파가니 존다 C12S가 파워를 높이고 무게를 줄여 2005년 제네바쇼에 등장했다. 전설적인 레이서, 'Juan Manual Fangio'에 대한 존경의 의미로 이름 붙여진 존다(Zonda) F는 구형과 비교해 헤드램프, 리어 윙, 휀더 디자인에 약간의 변화를 가져왔다. 처음 등장할 당시 뛰어난 스타일링과 가공할만한 성능으로 큰 관심을 일으켰지만 포르셰 카레라 GT, 엔조 페라리, 쾨닉제그 CCR 등의 등장으로 AMG의 구형 555마력 7.3리터 V8엔진(C12S)은 더 이상 최강의 자리를 지켜줄 수 없었다. 힘을 잃은 파가니 존다의 구원자 역시 AMG의 자연흡기 7.3리터 엔진이지만 V12 구조에 흡/배기와 ECU 매핑을 새롭게 세팅해 최고출력 602 마력, 최대토크 560 lbft (4000 rpm)의 강력함을 자랑한다. 기본적인 섀시의 변화는 없지만 마그네슘과 알루미늄 합금의 서스펜션에 스프링 강성을 높이는 대신 차체를 10mm 낮춰 고속주행시 안정된 자세를 유지하도록 했다. 그립력을 향상시킨 미쉐린 '파일럿 스포트 2' 타이어와 앞-19인치, 뒤-20인치 초경량 휠을 장착했으며 브렘보(Brembo)사의 대구경 브레이킹 시스템을 적용해 제동성능을 개선했다. 세라믹 제동장치와 얇아진 캐빈을 적용해 차량 무게를 1230kg으로 억제하여 650 마력 클럽스포츠 사양을 적용할 경우 엔조 페라리(526 hp / ton) 보다 뛰어난 마력당 무게 비율(528 hp / ton)을 갖는다. 정지상태에서 시속 100km/h에 도달하는 시간은 3.6초(엔조 : 3.65 초)에 불과하고 최고안전 시속은 345km/h로 알려졌다.