전세계 수많은 멤버를 가지고 있다는 점 덕에 음모론의 주 떡밥이 되기도 한다. 특히 근본주의 기독교 계열에서 주로 프리메이슨 음모론을 주장한다.[10] 대표적으로 일루미나티와 프리메이슨이 관계가 있다는 음모론이 유명하다. 그렇지만 20세기 후반 이후에는 워낙 대중화되어서 비종교, 반종교적인 음모론 애호가들 사이에서 더 인기가 있다고도 보여진다.

프리메이슨은 이집트에서 시작한 서양 문명의 줄기가 그리스와 로마, 유럽을 거쳐 현재는 국부(國父)들을 통해 미국으로 이어졌으며, 미국이 문명의 정당한 계승자라는 관점이 있다. 덕분에 이 이야기는 유럽에서는 큰 인기를 못 누리는 반면 아메리카, 특히 미국에 거주하는 사람들에게 주로 인기가 있다.

무엇보다 프리메이슨 관련 음모론은 전혀 증명되지 않은 음모론이다. 쉽게 말해 아무런 근거가 없다. 음모론에 지나치게 심취하면 정신 건강에 해롭다. 프리메이슨이 전세계에 그 마수를 뻗치고 있다며 겁에 질리기 전에, 합리적 사고력을 한 번 가동해보는 것도 나쁘지 않을 것이다. 음모론을 괜히 음모론이라고 하는 게 아니다. 현실의 프리메이슨은 그저 여자가 가입할 수 없는 세계급 거대 사교 클럽일 뿐이다.

일루미나티와 관련이 있다는 말이 있지만 일루미나티 문서에도 나와있듯 일루미나티 음모론 자체가 헛소리이고 프리메이슨과 일루미나티는 서로 다른 조직이다. 예전의 전성기 시절의 프리메이슨이라면 물론 일루미나티를 합병할 정도로 강력했겠지만[11] 지금은 완전히 다른 조직이다.

재밌게도, 음모론자들은 프리메이슨과 일루미나티가 전 세계적으로 증거를 은폐하고 다니기에 근거가 없는 것이라고 주장한다. 이들은 프리메이슨이 일루미나티라는 증거가 없다는 것을 주장에 대한 증거로 쓰고 있다.

이미 설명했다시피, 프리메이슨은 세계구급 초호화 사교 단체다. 이것도 요즘은 프리메이슨이 침체되면서 회원 수가 격감되고 현대에 와서 단체의 성격 자체가 바뀌면서 옛말이 되어가고 있다. 당연히 각계의 유명 인사들이 모여있고 혹은 있었고, 이런 곳에서 대화를 나누는 것은 인맥에 큰 영향을 주는 만큼 사회적 영향력은 어느 정도는 있었다고 볼 수 있다.

하지만 명심해야 할 것이 프리메이슨은 사교, 즉 친목을 도모하는 곳이지, 정치 집단으로 설계된 단체가 아니라는 사실이다. 즉, 그 영향력에는 많은 한계가 있을 수 밖에 없다. 게다가 프리메이슨 자체에서도 정치 관련 얘기를 하는 것을 금지하고 있다.[12] 애초에 체계적인 세계 통치 같은 것은 이런 형태의 집단에서는 절대로 불가능하다. 진짜 제대로 된 통치 조직을 만든다면 제대로 된 정규 회의 형태를 띄어야 하는 것이 맞다. 이런 친목 단체 말고.

프리메이슨이 유대인들이 만든 음모 조직이라는 식의 음모론도 있다. 물론 이 역시 말이 되지 않는 소리다. 다만, 실제로 어느 정도 유대인들을 위한 조직으로 쓰였을 가능성이 있긴 하다. 초창기 프리메이슨이 수면 위로 올라왔을 시절엔 탄압받던 유대인들이 정치에 직접적으로 참가할 수 없었던 시기라는 점을 고려하는 것. 아무리 세계구급 인사들이 모인 사교 단체라도 돈줄이 필요한지라, 억압받던 유대인들이 돈줄이 되어주면서 정치 참여용 창구로 쓰고 있었을 것이라는 정도로는 생각해 볼 수는 있다. 하지만 이후 프리메이슨의 정치적 존재감은 유대인들이 공식적으로 정치 참가가 가능해지면서 수면 아래를 넘어 내핵으로 처박힌다. 즉, 행여나 실제로 유대인들이 이용한 것이 맞다고 가정하더라도 이제는 정치적 영향력이 사실상 없어진 것이라고 보는 것이 타당하다.

프리메이슨의 정치적 존재감이 내핵에서 다시 해수면으로 올라오는 것은 미국의 독립 전쟁이 벌어질 즈음이다. 이 시기에는 이미 유대인들이 정치 참가가 가능한 시기이기 때문에 대리 정치를 위한 창구가 당연히 필요 없다. 프리메이슨이 실제로 유대인에게 의해 정치 단체로 쓰였더라도, 그 이후에 프리메이슨의 정치적 존재감이 증발해 버리는 사실을 고려하면 결국 이 시기의 프리메이슨은 순전한 사교 단체 그 이상도 이하도 아닐 수밖에 없다.

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조지 워싱턴 등 미국 초기의 유명 정치가인들이 왜 죄다 프리메이슨 회원이냐는 의문은 의외로 아주 간단하게 합리적으로 생각할 수 있다. 사회 고위층이라는 딱지를 달아주는 역할을 프리메이슨이 했다고 해석하면 그만이다. 다시 기억해 두자. 프리메이슨은 세계구급 사교단체다. 즉, 정치를 하기 위한 단체가 아니라 정치를 할 정도의 영향력이 있다는 사실을 과시하기 위해 회원으로 가입하는 단체였다고 보는 것이 타당하다[13].

결론부터 말하자면, 일루미나티는 이미 사라진지 오래고 프리메이슨과 직접적으로 관련있는 단체도 아닌데다가 프리메이슨도 이미 전세계적인 영향력을 자랑하던 것도 옛날 얘기. 현대에는 신입 회원의 부족으로 인해 존재 자체가 소멸할 위기가 닥쳐올 정도로 퇴물이 다 된 집단이다.

음모론이 언제나 그러하듯 제대로 된 근거나 증거도 없는데다가, 오히려 음모론을 주장하기 위해 음모론자들이 스스로 근거를 주작한다. 예를 들어 일루미나티에 납치되었다가 탈출한 여성이랍시고 가짜 인터뷰를 찍고 유튜브에 올린다던가 하는 등. 이러한 음모론은 묘하게 개신교 계열 중 악마숭배 같은 허무맹랑한 음모론을 믿는 사람들이 자주 퍼트리고 다닌다.

특히 음모론자들은 유튜브에서 각종 음모론을 전파하고 있는데, 국내에서는 THE VALUES##라는 한 개인 단체가 이 음모론들의 자막을 만들어 업로드하고 있다. 당장 유튜브에 '어나니머스가 밝힌 비밀'이랍시고 온갖 소리를 늘어놓고 있는데, 어나니머스는 그런 발표 따위 한 바 없다. 어나니머스의 이름을 도용해서 이런 음모론을 퍼트리고 있다. 또한 일루미나티가 죽인 사람들이랍시고 사람들 이름을 나열하는데 일루미나티가 이 사람들을 죽였다는 증거나 근거는 영상에서 일절 안 나온다. 동영상들이 모두 망상만 적고 출처 링크, 근거, 증거 따위는 일절 없다. 놀랍게도 이런 영상들이 한글 자막 영상만 해도 조회수 백만, 어떤 건 천만이 넘기도 한다.
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