다른 종교도 마찬가지겠지만 일제에 굴하여 친일을 하기도 했었던 개신교인도 있었고 서양 선교사들의 개신교 정신으로 비롯된 민주주의, 국민주권주의, 삼균주의를 포함한 건국 이념이나, 3.1운동을 비롯한 항일 민족 운동에서 참여한 개신교인도 있었다.

한때 개신교에 대해서 나빠진 사회적 인식과 맞물려서 반개신교 진영의 "종교 중에서 개신교가 친일에 가장 앞장선 종교다!"는 왜곡과 선동이 인터넷 상에서 널리 퍼트려졌고 실제로도 친일 활동을 했던 개신교인들도 있긴 했으나, 독립운동가나, 반일을 하던 개신교인도 당연히 많았다. 안창호, 김구, 유관순, 김규식 등. 오히려 개신교에서는 자신들이 독립운동의 한 축이었다면서 반일 민족운동의 역사를 굉장히 자랑스러워한다. 일사각오로 유명했던, 주기철 목사를 비롯한 신사참배에 대항했던 목사들을 자랑스러워하는 고신 교단이 그 예. 이런 부분에서 반개신교 진영의 역사왜곡과 전횡이 심해서 역풍을 맞는 사례도 보인다. 결국 적극적으로 친일 활동을 했던 개신교인은 광복 후에 쫒겨났거나 개신교인들에게 증오의 대상이 되었다. 그렇기에 후술할 신사참배 문제가 유야무야되기도 했다. 그래도 신사참배는 강압적으로 한 것이라서 책임 회피의 여지라도 있지만 적극적인 친일 활동을 했던 개신교인들이 욕받이가 되기도 했고. 그리고 후술하겠지만 좌우 대립으로 묻혀진게 크다.

일제강점기 시절, 한국 개신교의 중요 사건은 저항과 파괴로 볼 수 있다. 서양 선교사들로부터 받아들인 개신교가 민족 학교를 비롯한 교육기관을 서울과 평양을 중심으로 세우기 시작했고, 이를 통해 유관순, 안창호와 같은 독립운동가들과 걸출한 인물들을 배출해냈으나, 일제강점기 말기로 갈수록 극심한 탄압을 거치며 많은 수의 개신교를 포함한 기독교인들이 변절한 것이다. 앞서 말했듯, 한국의 개신교는 인터넷상 반 개신교 성향에서 극딜하듯 친일에 적극 나선 것이 아니다. 신사참배 문제와 관련하여 타종교, 비종교인과 오십보 백보 또는 도긴개긴. 같은 비판과 내부적 반성은 타당하다 할지라도, 아무 근거없이 '개독이 친일에 앞장섰다.'같은 개소리는 엄연히 역사 왜곡이다. 독립운동을 이끈 교회를 이어받은 신학교나 교회를 주축으로 하는 친일 연구가 현재에도 활발하다. 재밌는 것은, 개신교 학계는 물론 반개신교 성향의 일반인들도 이 자료들을 자주 사용한다는 점.

단적인 예로 일제시대 내내 가장 극심한 탄압을 받은 종교는 천도교와 더불어 개신교였고, 신사참배에 거부하여 2천 명의 신도들이 체포되고 200여 개의 교회가 강제폐쇄 되었으며 이 과정에서 50여 명의 신자가 순교했다.

개신교는 일제가 1919년 3.1운동까지 구한말 민족사학의 대부분을 차지하던 개신교계 미션스쿨들을 통폐합시켜왔기에, 서양학문을 토대로 민권 사상등을 가르치는 통로로 여겨왔고 이는 해방까지 계속되었다. 1919년 3.1운동 당시 민족 대표 33인중에 16인이 개신교측 인사였는데 이 당시 개신교의 교세는 전체 인구의 1.1~1.3%에 불과했다. 당연히 일제는 개신교를 통치에 방해되는 집단으로 여겼고, 지속적인 감시 대상이었다. 한편 식민지 뿐만 아니라 일본 본토에서도 개신교인을 비롯한 기독교인은 노동조합 참가자, 사회주의자들과 더불어 특별고등경찰[9]의 주 감시 대상이었는데 기독교의 교리상 국가 국가신토의 천황숭배를 받아들일 수 없기 때문.

3.1 운동의 경우처럼 제암리 교회 학살이 전세계에 널리 퍼진것도 한국교회의 희생과 선교사의 덕이었고, 3.1 운동 과정 기독교인 체포자는 전체의 17.6%인 3천여명에 달했었다. 특히 유관순을 비롯한 여성 체포자는 470여명중 309명이 개신교도였다.

일제 강점기에 개신교는 구한말 신문물과 새로운 사상의 유입을 가져왔고 이는 민족의식을 가진 지도자들을 대거 배출하면서 반일의 집결지가 되었다. 1911년 105인 사건의 경우 개신교인이 92명이었고, 사실상 일본은 개신교단을 탄압대상으로 삼았다. 구한말 개신교 인사중 대표적인 인사들은 독립운동가중 상당비율을 차지하는데 이승훈, 양기탁, 이회영-이시영 형제, 이갑, 조만식, 여운형, 전덕기, 유동열, 이동휘, 이동녕, 강우규 전도사, 이재명, 김상옥, 김마리아, 유관순, 안창호, 김구, 김규식, 반민특위의 창설자 김상덕등의 인물들은 개신교인이었다. 이는 '개신교의 대표적 인물은 이승만만 있고 나머지는 친일파다.'라는 선동과는 정반대다. 독립운동사 인물들 가운데 개신교 인사들도 민족 해방에 앞장섰다.한국 개신교의 일제강점기에서 절대 빼놓을 수 없는 문제가 바로 신사참배 문제이다. 그러나 당시 이 문제에 가장 거세게 항의한 종교 역시 개신교였으며, 신사참배의 경우, 1938년 4월을 기점으로 일부 목회자들을 제외하고는 대부분이 교단 차원에서 결국 신사참배를 결의하기로 했다. 이는 불교의 경우 딱히 신사참배를 막을 만한 교리가 없었고 조직은 일본 승려에 장악되면서 자연스럽게 일본 특유의 신불습합 문화가 그대로 조선에까지 유입되었고, 천주교는 일본의 천주교와 교황청에서 세속권력과 타협을 권했기 때문이다.

하지만 선교사들의 영향력이 강한 교단 내에선 신사참배에 대해 극심하게 의견이 갈리고 권력에 맛본 어용목사들이 하나 둘씩 일제의 회유에 넘어가면서 일제강점기를 거치고 대부분의 개신교 교단이 자발적으로 폐쇄하여 불복종하거나, 용인하여 존속하는 결정을 따랐다. 이에 반발한 사람들이 해외로 망명하여 독립운동을 하기도 했다. 아예 박헌영처럼 유물론을 받아들여 반기독교가 되어버리는 경우도 있었다.