과학주의를 믿는 사람들은 과학적인 지식은 귀납의 방법에 의해서 도달할 보편적인 지식이며, 또한 경험적인 기반 위에서 증명될 수 있는 지식이며, 개인적인 주관에 의해서 좌우될 수 없는 객관적인 지식이며 그리고 또한 필연적인 논리와 경험적인 연구를 통한 단계적인 발견에 의해서 무한히 확대될 수 있는 지식이라고 한다. 그래서 과학주의를 믿는 사람들은 과학적인 지식을 무비판적으로 절대화한다.

그런데 이러한 귀납법의 문제, 경험적 기반의 문제, 객관성의 문제  그리고 발견의 논리의 문제 등에는 현대 과학철학에 의하면 심각한 의문들이 많다. 엄밀하게 분석해 보면 귀납법을 통해서 보편성에 도달한다는 것은 불가능한 일이다. 경험적인 사실들의 귀납은 우연성과 예외를 배제할 수 없기 때문이다. 

예를 들면 서울에서 보면 하늘은 푸르다.부산에서 보아도 하늘은 푸르다. 그러므로 하늘은 푸르다는 보편적인 진리에 도달한다는 것은 엄밀한 의미에선 불가능하다. 어디엔가 하늘이 푸르지 않게 보일 수 있는 지점이 있을 수 있다는 가능성을 귀납은 배제할 수 없기 때문이다.

그래서 버트란트 러셀은 귀납법에 의해서 보편적법칙에 도달한다는 것은 증명될 수 없는 논리라고 했다. 그럼에도 불구하고 과학은 귀납법에 의해서 보편적인 법칙을 발견하고 그 법칙에 의해서 예언을 하곤 한다. 따라서 그러한 예언은 절대적이 아니다.   

그러나 과학주의를 믿는 사람들은 말하기를 과학의 열쇠는 귀납법을 통한 보편화가 아니고 을 통한 증명이라고 할 것이다. 눈으로 보고, 귀로듣고, 손으로 만질 수 있는 사실 곧 감성적인 지각에 의한 사실을 기반으로 출발해서 감성적인 지각에 의한 사실로 돌아오는 것이 과학이라는 것이다.   

그런데 인간의 감성적인 지각이라는 것은 과학적인 인식을 위한 독립된 객관적인 기초가 될 수는 없다. 모든 감각적인 지각들에는 이미 무의식적으로 일정한 이 들어 있다. 인간의 감성적인 지각이라는 것은 그 인간의 무의식층, 정서, 이성 등으로부터 아무런 영향을 안 받는 독립된 인식기능이 아니라는 것이다. 그래서 신실증주의의 경향을 대표하는 칼 포퍼도 "과학의 경험적인 기반은 절대적인 것이 아니다. 과학은 부동의 기반 위에 서 있는 것이 아니다. 과학적인 이론의 거대한 구조는 물위에 두둥실 떠 있는 것과 같다"  라고 했다.  

내가 무엇을 눈으로 보고 그것을 지각했을 때는 이미 지각에는 나의 선입관, 나의 이해, 나의 해석이 함께 포함되어 있다.  

과학주의를 믿는 사람들은 과학적인 지식은 절대 객관적이라고 한다. 그러나 과학적 지식의 객관성이라는 것은 하나의 이념적인 요청이고 실제에 있어서는 인간의 주관이 어떤 형태로든지 개입하지 아니한 지식은 없다. 미시의 세계를 다루는 현대물리학에 있어서는 이미 고전적 물리학이 내세웠던 객관성의 요청이 전연 다르게 이해될 수 밖에 없게 되었다.      

미시의 세계의 현상은 과학적인 조작을 통해서만 드러나는데 그 조작이 대상에 미치는 영향이 매우 크기 때문이다. 그러므로 물리학자가 다루는 현상은 객관적인 물자체의 현상이라기 보다는 그가 조작해 낸 현상이라고 할 수 있다. 과학적인 지식이 완전히 객관적인 지식이라고 믿는 것은 이제는 무비판적인 환상이다.

발견은 역시 과학의 중요한 역할이며 과학의 진보를 위한 중요한 요소이다. 그러나 발견은 직선적인 논리와 이른바 실증적인 방법에 의해서 이루어지는 경우는 거의없다. 그래서 많은 과학철학자들은 를 에서 구별한다. 발견은 역시 신비스럽고 창조적인 작업이다. 그것은 과학주의의 미신과는 달리 인간의 삶 자체에 근거한 영원히 신비스러운 기능이다.

과학적 지식은 과학주의를 믿는 사람들이 생각하는 것처럼 그렇게 보편타당하고 확고부동하고 객관적이고 이른바 실증적 논리에 의해서 무한히 전진하는 것이 아니다. 따라서 과학적 지식은 절대적인 것이 아니고 상대적인 것이다. 상대적인 것을 절대화하면 미신이 된다. 그런데 이와같이 그 본질에 있어서 절대적이 아닌 과학적인 지식이 변화하면서 늘 발전하고 폭발적으로 증대한다는 것이다. 그 발전이 우리의 시대에 있어서는 너무나 놀랍고 폭발적이기 때문에 그러한 지식 앞에 일정한 한계를 설정하는 것은 매우 무모한 일인 것처럼 생각된다.

전 연세대 철학과 이규호 교수님의 '지식의 한계'라는 글 중에서                  

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자연과학이나 사회과학의 어떤 이론은 무조건 절대적인 것으로 믿고 그리스도교 신앙은 무조건 거부하고 있는 분들은 이글을 통해 자신이 놓여있는 진리판단의 기반이 얼마나 견고한 것인지 돌아보시기 바랍니다. 모든 과학적 이론이나 진리라고 주장되는 사실들은 그 도출된 과정이나 결과를 어떤 관점에서 보고 어떤 주관적"사실'들을 통해 보고 어떤 세계관과 철학관을 통해 보는냐에 따라 해석과 수용이 달라질 수 있습니다. 어떤 신앙만이 아니라 과학도 맹목적인 것이 될 수 있습니다. 그것이 다른방법으로의  진리인식의 가능성을  모두 배제하고 자신만을 교조적으로 섬기게 한다면...