하지만 이 시스템에 큰 허점이 있는 것으로 드러났다. CBS노컷뉴스 취재결과 가상의 이메일을 입력해 트위터 계정을 생성한 뒤 '프로듀스101' 홈페이지에서 동의 절차를 거치면, 한 명이 얼마든지 연달아 투표하는 것이 가능했다. 하루에 수십, 수백 개의 유령 SNS 계정을 만들어 중복 투표를 할 수 있는 허술한 시스템인 것이다.

 
제작진은 최근에서야 투표 시스템의 허점을 발견했다. 지금까지 진행된 투표에서 현재 1위인 김세정 2위 최유정 등 실제 부정투표가 이뤄졌을 가능성을 배제할 수 없는 상태여서 향후 논란이 예상된다.

제작진은 부정투표를 방지할 보완대책 마련이 시급하다고 보고 앞으로 기술적 시스템 보완에 만전을 기한다는 방침이다.

'프로듀스101' 제작진은 2일 CBS노컷뉴스에 "프로그램 후반부로 달려가면서, 혹시나 모를 부정투표에 대한 관리가 필요하다고 판단된다"며 "향후 시스템을 교란하기 위해 동일한 회원 정보로 다수의 아이디를 만들어 투표를 시도하는 부정 투표 의심 건에 대해 '캡챠 시스템'을 도입, 이를 철저히 방어하고자 한다"고 밝혔다.