전제는 미사용 연차수당을 지급하는 회사일 경우이구요.(수당을 지급안하면 연차를 소진하는 것이 당연히 무조건 이득이니까요)
제목 처럼 퇴사시점에서 잔여연차가 남아 있는 경우, 연차를 쓰지않고 연차수당을 지급받는 것이 더 나은지 연차를 사용하는 것이 더 나은지를 비교해보면
예를 들어,1년이상 근속한 직원의 실제 출근이 3월31일 이고 미사용 잔여연차가 10개 남은 경우
연차수당 : 3월 31일까지 출근 + 10일치 연차수당(퇴사처리는 3월31일)
연차소진 : 3월 31일까지 출근 + 10일치 연차사용(실제 퇴사일은 4월14일)

결론적으로 잔여연차가 5개 이상 남았으면 연차를 소진하는 것이 더 낫습니다.
상기 예시와 같이 연차가 10일 남을 경우 정산받는 금액은
연차수당을 지급받는 경우는 1일통상임금 x 10일이 될 것이나
연차소진의 경우 1일통상임금 x12일의 결과가 될 것입니다. 왜 연차소진에 2일이 더 붙냐?
주휴수당 2주분을 더 받기 때문입니다.

즉 연차를 소진해서 받는 4월분 급여 > 미사용 잔여연차수당.. 이란 것이지요.

참고로 퇴사일이 금요일일 경우 그 주의 주휴수당은 인정이 안됩니다.
위에 3월31일까지 마지막 근무를 하고 10일의 연차를 소진하여 실제퇴사일을 4월14일로 할 경우, 4월2일의 주휴수당과 4월 9일의 주휴수당, 2일치의 주휴수당을 더 지급받을 수 있습니다.


혹여 연차수당이 퇴직금에 가산되기 때문에 연차수당을 받으면 퇴직금을 더 많이 받을 수 있어서 유리하지 않느냐라고 반문할 수도 있습니다만.
퇴직하기 전 이미 발생한 연차유급휴가 미사용 수당은 퇴직금 산정을 위한 평균임금 산정 시에 포함되어야 하나, 퇴직함으로써 비로소 지급사유가 발생하는 연차유급휴가 미사용 수당은 퇴직금 산정을 위한 평균임금 산정시 포함되지 않습니다.(노동부 행정해석, 근로복지과-1715, 2012.5.21.)