누구나 어릴 적에는 한 번쯤 이상한 현상들을 꿈꾸곤 한다. 내가 초능력자라면, 혹은 옆집에 사는 아저씨가 사실은 외계인이었다거나 어느날 미래에서 온 인간들에게 지구가 위협을 당한다면... 나이를 먹어감에 따라 현실을 바라보게 되면서 어느새 자연스레 사라지고 마는 그런 상상들, 나중에 생각하면 헛웃음을 짓게 만드는 그런 상상들 말이다. 쿈이라는 별명으로 불리는 한 소년도 그랫다. 어릴 적에 꿈꿔왔던 상상들은 그저 상상에 지나지 않는다고 쓴웃음을 지으면서 고등학교에 입학할 때까지는 말이다...
"평범한 인간에게는 흥미가 없습니다. 이 안에 우주인, 미래인, 초능력자가 있다면 나한테 오세요, 이상" 입학식 날, 반 배정을 받은 후 자기 소개를 하는 자리에서 이렇게 말한 소녀가 있었다. 그녀의 이름은 스즈미야 하루히. 입만 다물고 잇으면 엄청난 미소녀였지만, 일반인의 머리로는 도저히 예측할 수 없는 행동들만 골라서 저질러대는 그녀는 그야말로 세상에 무엇 하나 무서울 것이 없는 여왕님이었다. 어쩌다가 스즈미야 하루히의 앞자리에 앉게 되었고, 어쩌다가 그녀와 대화를 나누게 된 것만으로 그녀의 터무니 없는 망상 계획에 동참하게 된 쿈... "우주인이나 미래인이 나를 찾아오지 않는다면 스스로 찾아내면 되잖아!"라며 눈을 빛내는 그녀는 곧 SOS단이라는 정체 불명의 조직을 만들어 반 강제적으로 쿈을 끌어들인 것이다.
SOS단이라는 것은 "세상을 UP시키기 위한 스즈미야 하루히의 단"이라는 의미의 약자. 그러나 실제로 정확히 무엇을 해야하는 지는 쿈은 물론 스즈미야 하루히도 잘 알지 못하는 모양이었다. 하지만 모임이 만들어진 이상 부원을 모집해야 했고, 스즈미야 하루히는 특유의 밀어부치기로 교내 최고의 미소녀인 아사히나 미쿠루와 머릿수를 채우기 위해 끌어들은 문예부 소속의 나가토 유키, 그리고 수수께끼의 전학생 코이즈미 이츠키까지 끌어들이며 SOS단의 세력을 확장해 나간다. 이런 가운데 콘은 평범한 현실이란 것이 은근히 먼 곳에 있었다는 것을 온 몸으로 처절하게 깨닫게 되는데...
