xp나 2000의 경우는 시디부팅후 설치(혹은 디스켓부팅후 시디로 설치)하게 되면 설치과정에서 하드디스크의 파디션 작업 및 포맷작업을 할수 있는 과정이 있습니다. 같은 파디션에 포맷하고 설치하실 것이라면 시디부팅후 설치대상 파디션을 포맷하는 방법이 제일 좋습니다.(기존 파디션이 ntfs이건 fat계열이건 상관없이 포맷가능합니다. 상호변환포맷도 가능하구요.)
단 시디부팅하기 위해서는 메인보드에서 시디부팅(cmos에서 boot sequence를 cdrom선택)

마더보드에 따라서는 굳이 cmos에 안들어가더라도 post화면출력시 특정키를 누르면 boot sequence를 설정할수 있는 경우도 있습니다.(단 이경우에는 당시 부팅에만 한정적으로 적용됩니다.)

CD로 부팅한후 메뉴에서 포맷선택후 포맷이 완료되면 같은 방법으로 다시 설치하면 됩니다.

HDD에 오류가 있을 경우엔 로우포맷을 하면 좋습니다. 로우포맷용 유틸은 HDD제조사 홈페이지에서 다운받을 수 있습니다. 즐거운 주말맞으시길...