그가 쓴 프린키피아(원명은 ‘자연철학에 관한 수학적 원리, 1687)는 16-17세기의 과학의 혁명을 마무리한 저작물로 평가되고 있다. 그는 소문난 신앙의 소유자였다. 그의 신앙적인 면면은 다음의 일화에서 엿볼 수 있다.
어느 날, 그는 한 기술자에게 부탁하여 태양계의 별들이 한 동작에 의해 일시에 작동하는 태양계의 모형을 만들었다. 그리고, 무신론자인 친구가 찾아 왔을 때 그는 모형을 작동시키려고 크랑크를 돌렸다. 그러자, 여러 개의 행성들이 톱니바뀌에 맞물려 제각기 다른 방향으로 정교하게 돌기 시작하였다. 신기하게 여긴 친구가 뉴톤에게 이 모형은 누가 만든 것이냐고 물었다.
뉴톤은 그것이 어느 날 저절로 만들어졌다고 대답했다. 그러자, 그 친구는 화를 내면서 사람을 바보로 취급하느냐고 흥분하며 항의하였다. 그 때, 뉴톤은 친구의 어깨에 손을 얹으며 이렇게 말을 했다고 한다.
“이것은 장엄한 태양계를 흉내 내어 만든 조잡한 작은 모형물에 불과하다. 태양계를 지배하는 법칙들을 그대도 이미 잘 알고 있지 않은가?
이토록 간단한 모형도 내가 저절로 생겨 났다고 했더니 자네는 성을 내면서 믿을 수 없다고 하지 않았나?
하물며, 저 광대한 태양계가 설계와 제작자가 없이 저절로 생겨났다고 한다면 어떻게 믿을 수 있겠나?
자네는 태양계가 무슨 방식으로 저절로 생겨 났다고 결론을 내릴 수 있었는지 오히려 나에게 설명을 해 주게나.”
그는 <프린키피아>(Pricipia)에서 이렇게 고백하였다.
“태양, 혹성, 혜성으로 구성된 너무나도 아름다운 천체는 지성(知性)을 가진 강력한 실존(實存)의 의도와 통제가 있으며, 그 분은 태초부터 존재하셨다고 믿을 수 밖에 다른 도리가 없다...지존하신 하나님은 영원무궁히 완전히 완벽하신 분이시다.”
그는 자신의 모든 발견들이 기도의 응답으로 이루어졌으며,
“종교와 과학은 충돌하지 않으며 이성은 종교의 적이 아닌 벗”이라고도 하였다.
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